Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LP2M) INDAFA Bondowoso dibentuk untuk merespons kebutuhan pengembangan riset ilmiah keislaman serta wujud bakti perguruan tinggi terhadap pemberdayaan masyarakat pedesaan dan pesantren.
Sebagai motor penggerak keilmuan, LP2M terus berinovasi mengelola hibah riset Litapdimas, mendampingi publikasi jurnal ilmiah terakreditasi, melayani pendaftaran HKI, dan menerjunkan ribuan mahasiswa KKN dalam program pengabdian berbasis pesantren.